Панцирь, служащий средством пассивной защиты, позволяет безошибочно отличать черепах от других животных. Он состоит из спинного щита — карапакса, и брюшного — пластрона. Карапакс сложен из костных пластинок кожного происхождения, с которыми срастаются ребра и отростки позвонков. Пластинки пластрона образовались из ключиц и брюшных ребер. Оба щита либо соединены подвижно сухожильной связкой, либо крепко сращены костной перемычкой. Сверху у большинства черепах панцирь покрыт симметричными роговыми щитками. Швы между пластинками и щитками не совпадают, что придает панцирю особую прочность. Спереди и сзади панцирь черепахи имеет отверстия, через которые животное выдвигает свои конечности. У некоторых видов подвижные части панциря могут плотно закрывать оба отверстия (или одно из них) в минуту опасности. Форма панциря связана с образом жизни черепах: у наземных видов он высокий, куполообразный, часто бугорчатый, у пресноводных — низкий, уплощенный и гладкий, у морских имеет обтекаемую каплевидную форму. Челюсти черепах лишены зубов и имеют острые роговые края. Голова расположена на длинной подвижной шее и обычно может втягиваться под панцирь. Мускулатура конечностей развита очень сильно, а туловищная, напротив, почти исчезла. Глаза обычно хорошо развиты, зрачок всегда круглый, имеются два подвижных века и мигательная перепонка.